Aage V. Jensens Fond & Aage V. Jensen Naturfond har hver sin bestyrelse, hver sin fundats og et fælles sekretariat.

Fondenes fælles sekretariat danner rammen om ledelsen i de to fonde, specialisterne indenfor de forskellige uddelingsområder og stabsfunktionerne. Sekretariatet ligger i København og har xx medarbejdere.